На август 2009 года в Японии выпущено 47 томов («танкобонов») манги, из них 27 составляют первую часть сюжета. Первый танкобон был издан 3 марта 2000 года[14]. Кроме того, издательство Shueisha выпустило несколько томов ани-манги (англ.), основанной на полнометражных анимационных фильмах[15][16][17][18], и разместило на своём сайте Shueisha Manga Capsule вариант «Наруто», доступный для скачивания на мобильный телефон[19]. Российская компания «Комикс-Арт» по состоянию на июнь 2009 года выпустила четыре тома русской версии манги[20].

Манга «Наруто» пользуется большим коммерческим успехом как в Японии, так и в других странах мира. На родине по состоянию на декабрь 2008 года было продано более 89 млн копий в общей сумме[21], а в 2008 году более 1 млн одного только 43-го тома, благодаря чему «Наруто» занял девятое место в списке самой продаваемой манги Японии. Тома 41, 42 и 44 также попали в список бестселлеров, хотя и разошлись меньшим тиражом[22]. В 2008 году общее количество проданных в Японии экземпляров составило 4 261 054 копий, а манга стала второй в списке бестселлеров[23]. Не менее успешным оказался 2009 год: за первые полгода «Наруто» занял 3-е место в списке самой продаваемой в Японии манги[24], причём 45-й том разошелся тиражом более 1 млн копий, а 46-й том — более 850 тыс. копий[25]. В США манга, распространяемая издательством Viz Media, вошла в число бестселлеров наряду с такими книгами, как «Мемуары гейши» и «Код да Винчи»[26]. Десять процентов всей проданной в 2006 году манги пришлись на «Наруто»[3]. Седьмой том, изданный Viz Media в 2006 году, стал первой мангой в истории, получившей премию Quill Awards как «Лучший графический роман»[3]. В перечне книг общенациональной американской газеты «USA Today» 11-й том «Наруто» долгое время занимал место самой продаваемой манги в списке, пока его не опередил 28-й том, поднявшийся на 17-ю строчку в первую неделю после публикации в марте 2008 года[27][28] и обративший на себя внимание обозревателей очень быстрым ростом продаж в первую неделю[29]. Поисковый запрос «Naruto» в системе Yahoo! занял четвертое место в в рейтинге самых популярных поисковых слов 2007 года и седьмое место — в 2008 году[30].

В России распространением «Наруто» с 2008 года занимается издательство «Эксмо» в сотрудничестве с компанией «Комикс-Арт»[4]. «Эксмо» выпускает мангу большим тиражом, как книги популярных писателей: тираж «Наруто» составил 25 тысяч экземпляров[31]. Российскую печатную версию критиковали за выбор шрифтов, а также за ошибки в переводе имён и диалогов (в частности, в первом томе имя героя Конохамару было заменено на «Коноха»). «Отнюдь не лучший выбор, когда без лупы нельзя отличить „А“ от „Д“ и „Ц“ от „И“», — пишет об издании интернет-ресурс «Animemaniacs Magazine»[31]. Однако, по мнению обозревателя данного сайта, эти ошибки незначительны по сравнению с «самим фактом выпуска „Наруто“ на бумаге».

Зарубежные критики и рецензенты одобрительно отзывались о манге, отмечая её интенсивность и динамичность[32][33], а также сбалансированность сюжета, в котором органично переплетаются сцены боёв, тренировок, развитие характеров героев и комедийные элементы[34][35]. По мнению обозревателей, автору удавалось хорошо передать чувства и эмоции персонажей[36], даже второстепенных, среди которых попадалось много интересных героев[37]. С выходом второй части манга, по словам критиков, стала более «взрослой» и серьёзной[38]; решение автора разом сделать своих героев на два года старше было названо «умным ходом»[39]. Из недостатков сюжета был отмечен шаблонный сюжетный ход, заключающийся в том, что некий персонаж в силу обстоятельств остаётся одиноким, начинает считать себя никому не нужным и оказывается послушным оружием в руках какого-нибудь злодея, однако после единичного разговора с Наруто к этому одиночке вдруг возвращается уверенность в себе[40]. Настойчивость и упрямство главного героя тоже понравилось не всем: рецензент от IGN Дэвид Смит отозвался о нём весьма нелестно, назвав его «тупым как мешок молотков»[41]. В отношении рисовки критики отметили хороший стиль и проработку деталей: чувствовалось, что Кисимото старается подражать стилю Акиры Ториямы, автора популярной сёнэн-манги «Dragon Ball»[34], однако при этом были заметны несовпадения во внешнем виде персонажей, выдающие неаккуратную работу большого числа ассистентов[35]. В целом критики сочли «Наруто» классической историей о взрослении главного героя[42], сёнэн-мангой, ни в чём не отступающей от канона[41].